OxfordNanopore開發連接智能咗

Oxford Nanopore開發連接智能的納米孔測序儀

訊

牛津納（nà）米孔技術公（gōng）司透露，正（zhèng）在開發（fā）一種連接智能使用的納米孔傳感器，用於DNA測序和其他應用中（zhōng）。公司還對其他研發中的新產品進行了介紹。另（lìng）外，該公司成立了一家分公司，名為GenomeFoundry，關注合成生物學的應用。

開發連接智能使用的納米孔儀器SmidgIon

公（gōng）司首席（xí）技術官CliveBrown透露，這款新型納米孔儀器稱作（zuò）SmidgIon，正處於早（zǎo）期研發（fā）階段，預計在2017年末可以投入使用。該產品同樣將使用應用於MinIon和（hé）PromethIon儀（yí）器的核心納米孔傳感技術，但是（shì）該儀（yí）器將比（bǐ）MinIon更小，每個flowcell中有256個（gè）channel，可以連接到智（zhì）能上或者其他低功率儀器上，用於感應DNA、RNA或蛋白質。

據公司透露，SmidgIon可應用於更（gèng）加廣（guǎng）泛的領域，包括（kuò）疾病爆發中的病原體監測，分析環境樣本或者農業（yè）樣本，對於野生動（dòng）植物（wù）或木（mù）材進行實時物種鑒定。

其他（tā）正在開發中（zhōng）的產品

Brown說，另一個處於早期（qī）研發階段的產品稱作ProjectZumbador，該產品將生物學樣本的核酸提（tí）取和文庫製備結合但是每種製品所要求的材料特性不1到（dào）一個設備中，將在第三季度發布。

公司同時還在研發MinIon和PromethIon上直接進行RNA測序的kits，這項產品計劃在接下來的幾個月內提供（gòng）給。公司表示，該產品可利用adapter和（hé）馬達蛋白控製RNA移位，指導RNA進入（rù）納米孔（kǒng）。Oxford使用這種方法已經對來（lái）自人類鼻病毒的RNA進行了（le）測序（xù），並表示直接進行（háng）RNA測序可（kě）以檢測到RNA上的甲（jiǎ）基化修飾。

另外一個產品VolTrax是一款樣本製備儀（yí）器，將在今年秋天提前供應給目前使用Oxford納米孔測序平台的客戶。公（gōng）司表示（shì），便於（yú）操縱首批發布的儀器VolTrax將依附在一個小型USB儀器上，然後附著於MioIon或者PromethIon儀器上。

OxfordNanopore同樣還計劃不久後實現進口下滑其（qí）實不意味著國外裝備使用率降落MinKonw平台堿基識別軟件的本地使用。

台PromethIon近期已經出貨

Brown說，台PromethIon近（jìn）期已經出貨給客戶了，他還展示了該平台的一些內部（bù）數據，共使用（yòng）了48個flowcell，每個flowcell中含有3000個（gè）channel。使用R9試（shì）劑，每個納（nà）米孔每秒測序250個堿基，準確率和小孔利用率都（dōu）與MinIon一致。該係統目前的（de）性能是運（yùn）行48小時產生6.2Tb數據（jù），將（jiāng）來會進一步增加（jiā）至12.4Tb。根據Brown的報告，公司目前正在調試（shì）軟件（jiàn）用於控製大型數（shù）據集（jí）的堿基（jī）實時識別，優（yōu）化芯片表麵化學（xué）試劑以及生產流程，並開發一種快（kuài）速的堿基識別程序。

全部使用新（xīn）型納（nà）米孔R9

除此之外（wài），Brown表示，OxfordNanopore已經不再出售R7納米孔的flowcell，現在已經全部替換成R9納（nà）米（mǐ）孔的flowcell，R9即CsgG，近得到比利時VIB研究所和（hé）倫敦（dūn）大（dà）學學院授權。Brown補充（chōng）道，新（xīn）型的flowcell還整合了堅固的膜（mó）和一個更新的解旋酶馬達（dá）蛋白。公司使用新的flowcell測（cè）序得到的（de）長讀長為500kb，目前主要關注於提升通量和（hé）同聚物識別能力（lì）。

公司在一份聲明（míng）中指（zhǐ）出，R9係統（tǒng）具有更高的準確率，尤（yóu）其是對於1Dreads，這種reads僅讀取DNA的一條鏈。新型堿基識別軟件不同於以往的隱馬爾可夫（fū）模型，它是（shì）基於神經絡模型，進一步提升了準確（què）率。R9型flowcell測序時，每個納米孔每秒（miǎo）測序250個堿基，而R7型每秒多測定70個堿（jiǎn）基，因此公司表（biǎo）示換用R9型flowcell後MinIon將產出更多的數據。Brown說，目（mù）前1Dreads的準確率為（wéi）90，2Dreads準確率為95。

與R9型flowcell配套（tào），公司正（zhèng）在推出一種快速測序kit。用該kit建庫隻需要10分鍾，而且使用的耗材比以前更少，MinIon運行開始後馬（mǎ）上進行數據（jù）分析。公（gōng）司聲（shēng）明（míng）中表示，目前許多早期（qī）客戶正在測試這款快（kuài）速測序kit，它將很快推出市場。

成立分公（gōng）司GenomeFoundry

Brown後提到了OxfordNanopore的一家新的分公司GenomeFoundry，該公司旨在開發一種用於合成生物學（xué）的MinIon，使用專有的、非亞磷酰（xiān）胺的（de）DNA合成試劑。公司（sī）的目的是為了使用類似於VolTrax的儀器開發長鏈DNA分子。